2004年球队落户南昌后，收购了解放军青年队，并从其他俱乐部引进了多名球员。 名单为：王辉（中远）、翟国斌（兰格）、路强（蒂娜）、胡军（武汉）、陈茂（中远）、黄伟（申花青年）、刘志强（广州）、王博（湖北青年队）、鲁西（武汉队）、李森（泰达青年队）。 与此同时，解放军青年队也经过筛选，一线队留下赵燕平、肖伯杰、尹晨、高杰、张翰、陆峰、程晓鹏、邹海、臧少鹏，丛林（后来调往国立）和石虎、岳阳（后调往建业）、王欣、陈子新（现华东交通大学）、张超（后调往辽宁）、曹辰（后调往辽宁）、李蓉、田文博、张鹭、黄顺、姜涛（后转会青岛）等球员被列入二队。 原来的上海恒远只保留了季军、张辉等五名球员。 李晓出任主教练，赵凯出任助理教练，王辉兼任守门员教练，并聘请上海足球传奇人物鲍英夫、刘思毅担任顾问。 作为一名顾问，鲍女士很努力，每次培训课她总是名列前茅。 石永碧记录了每位球员的表现，并在比赛过程中精心准备了技术统计。 赛后他发现了球队的不足。 可以说，他给了李晓很大的帮助。 与此同时，江西队主帅金力豪被聘为二队主教练。 当年第二队参加了U-19联赛。 这也是俱乐部多年来首次参加青年联赛。 值得一提的是，当时参加的是U-19联赛。 联赛期间，李震、王栋等三名江西本土球员被借调代表二线球队。 遗憾的是，二线队伍在10月份解散后就再也没有组建过。 当年，八一恒源获得南区第三名，在淘汰赛中因净胜球小与北京宏登而被淘汰。
2004年底南昌八一衡源足球俱乐部，球队对教练组进行了调整。 赵凯、金立赫离队。 在总经理魏荣斌的支持下，俱乐部在华东交通大学建立了梯队训练营，并召集了全省的南昌、九江、景德镇等地。 一些优秀的年轻球员希望依靠训练营重建本土的乙级球队和足球学校。 然而此举从一开始就遭到了老板兼主教练李晓的反对。 由于缺乏支持，该计划胎死腹中。
2005年，球队斥资30万元从武汉队引进了苗佳，10万元从九巨龙引进了张贤、顾忠庆、吉贤俊、戴正根，以及陕西国力解散后的韩德明。 此次花费的资金堪称中意最大的一笔支出。 随着一些实力球员的引进，球队在中乙联赛中表现较为出色。 同时，教练组也进行了调整，原九龙队主教练刘启普和中远、碧云梁前球员沈明担任助理教练。 整个南区比赛中，球队一直保持着前三名，但在9月3日客场对阵安徽老明光的一场关键比赛中，他们以1：6的空前比分落败，这不仅引发了李霄的教练位置危机，几乎阻止了球队从资格赛中脱颖而出。 好在最后两场比赛，他们分别击败了中国纺机和武汉雅琪，确保球队以第三名的身份进入决赛。
为了确保球队能够顺利晋级甲级联赛，南区比赛结束后，俱乐部邀请周穗安前来执教球队。 周穗安在参加总决赛之前也为球队制定了训练计划。 这样的训练计划也让球队在总决赛中处于良好的竞技状态。 最终，团队不负众望。 依靠张辉、苗佳、韩德明等球员在加时赛中的出色发挥，球队成功逆转东莞南城，晋级甲级。 决赛中击败北京宏登，夺得第二个冠军。 。 李霄还获得了当年乙级联赛最佳教练，达到了执教生涯的巅峰。
2005年，该队8名解放军青年队小队员代表江西参加全运会足球预赛，结束了江西22年参加全运会足球比赛的历史。 由于这8名球员从未与江西本土球员共事过，与其他球队多年的长期训练相比，已经存在差距。 面对困难，八人都表现得非常好。 如果不是最后对阵河北的点球大战中肖伯杰踢开，江西全运会历史上将进入决赛。 同年，王博还代表湖北队获得全运会第四名。
2006年球队进入中甲联赛后，李晓被任命为总经理，此前曾在球队幕后帮助球队的周穗安被任命为主教练。 善于培养年轻球员的周穗安的执教，也让球队的未来充满了希望。 遗憾的是，由于李晓在引进国内外球员和处理球队事务时进行干涉，周穗安以合同原因拒绝签约，告别球队。 李霄通过录像带选择了肖恩和隆巴德，同时也确认了引进多名国内球员。 随后朱波出任主教练。 倒霉的朱波在五连败（包括一场足协杯比赛）后交出了教练的工作。 李霄以主教练身份回归球队，并在他的首场中甲比赛前，紧急引进了巴西外援迪亚斯。 在保级的关键时刻，球队向前红塔球星常辉发出了邀请，但常辉在南昌集训后多次体能测试不合格而离队。 那年中甲南昌八一衡源足球俱乐部，由于湖南湘军的“自杀”南昌八一衡源足球俱乐部，球队保级艰难。
